Periode Tahun 2009 - 2015

Berdasarkan Peraturan Gubernur DIY Nomor 57 tahun 2008 Badan Ketahanan Pangan dan Penyuluhan DIY mempunyai tugas melaksanakan penyusunan dan pelaksanaan kebijakan daerah di bidang ketahanan pangan serta koordinasi penyuluhan pertanian, perikanan, kehutanan dan perkebunan. Saat ini di BKPP terdapat Sekretariat, Pejabat Fungsional Penyuluh Pertanian, Pejabat Fungsional Pengawas Mutu Hasil Pertanian (PMHP) dan empat bidang yang saling terkait satu sama lain dalam melaksanakan tugas dan fungsinya guna mencapai tujuan BKPP , keempat Bidang tersebut adalah :

Kelembagaan lain yang terkait dengan BKPP adalah :

1. Dewan Ketahanan Pangan
2. Lembaga Otoritas Kompeten Keamanan Pangan Daerah
3. Komisi Penyuluhan

Periode Tahun 2016 - sekarang 

Dengan telah disahkannya UU Keistimewaan DIY No. 13 tahun 2012 mengamanatkan Terbitnya Peraturan Daerah Istimewa Daerah Istimewa Yogyakarta No. 3 Tahun 2015 yang menjadi dasar hukum adanya Organisasi Perangkat Daerah Badan Ketahanan Pangan dan Penyuluhan yang merupakan Lembaga Teknis Daerah di Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta. Maka berdasarkan Peraturan Gubernur DIY Nomor 76 tahun 2015 tentang Rincian Tugas dan Fungsi BKPP DIY terdiri atas 3 bidang yaitu : 

1. Bidang Ketersediaan dan Distribusi Pangan
2. Bidang Konsumsi dan Kewaspadaan Pangan
3. Bidang Koordinasi Penyuluhan